W 1929 rodzina Gebethnerów wykupiła udziały wspólników, stając się jedynymi właścicielami firmy. W tym okresie i aż do wybuchu wojny głównym redaktorem w wydawnictwie był Aleksander Wat.
Pod koniec września 1939 budynek siedziby „Gebethner i Wolff” został częściowo spalony (górna część wieży oraz dach kamienicy). W okresie II wojny światowej przedsiębiorstwo rozprowadzało nielegalne książki oraz prowadziło tajne kursy dla pracowników księgarń. W czasie powstania warszawskiego w 1944 budynek wydawnictwa został zbombardowany i ponownie spłonął.
Po wyzwoleniu z niewoli niemieckiej w 1945, Zygmunt Gebethner wspólnie z ojcem Janem Stanisławem reaktywował wydawnictwo i dwie księgarnie; jedna z nich mieściła się w kamienicy przy ul. Targowej 48. W 1950 władze komunistyczne odebrały Gebethnerom licencję wydawniczą, zmuszając ich do zawieszenia działalności. Pod koniec lat 50. decyzją Biura Odbudowy Stolicy dom firmy Gebethner i Wolff został wyburzony, a na jej miejscu zbudowano blok mieszkalny. Proces likwidacji oficyny ciągnął się formalnie do 1973, kiedy to zakończył działalność antykwariat „Gebethner i Wolff” przy ul. Ząbkowskiej 3.