W zamian został członkiem Rady Najwyższej Rewolucji oraz stanął na czele Komisji GospodarczejMANANDAFY Rakotonirina..
W marcu 1989 Rakotonirina wziął udział w wyborach prezydenckich, uzyskując niecałe 20% głosów i zajmując drugie miejsce, za Didierem RatsirakąElections in Madagascar, Afraican Elections Database.. W latach 1991–1993 pełnił funkcję współprezydenta Komitetu Odbudowy Gospodarczej i Społecznej. W wyborach prezydenckich w listopadzie 1992 Rakotonirina zajął trzecie miejsce z wynikiem 10,2% głosów poparcia, za Albertem Zafym oraz RatsirakąElections in Madagascar, Afraican Elections Database.. W wyborach parlamentarnych w 1993 dostał się do parlamentu, w którym zasiadał do 1998. W sierpniu 1993 był jednym z trzech kandydatów do urzędu premiera, jednak parlament ostatecznie wybrał na to stanowisko Francisque'a Ravony'ego.
W wyborach prezydenckich w 2001 Manandafy Rakotonirina poparł Marca Ravalomananę, a po jego zwycięstwie został mianowany specjalnym doradcą prezydenta. Zmienił również nazwę swojej partii na Ruch na rzecz Postępu Madagaskaru (MFM).