W 1214 margrabia brandenburski Albrecht II zdobył gród w Pasewalku, już jednak w tym samym roku Waldemar II odbił zajęte margrabiego grody (castra) Szczecin i PasewalkEx Annalibus Waldemarianis et Vitescolensibus, ediert von Geirg Waitz, in MGH SS 29, Hannover 1892, s. 180.. W 1250 – na mocy układu z Landin – Barnim I oddał Pasewalk pod panowanie brandenburskie. W 1354 miasto wróciło już na stałe w skład Pomorza. Do wzrostu jego znaczenia przyczyniło się położenie na szlaku handlowym z Magdeburga do Szczecina oraz nad rzeką Wkrą, którą w średniowieczu spławiano towary z Prenzlau do Zalewu Szczecińskiego. W 1272 sprowadzony został do Pasewalku zakon Dominikanów. W lutym 1367 miało miejsce zdarzenie, które zahamowało na wiele lat rozwój Pasewalku: zabity został przez mieszczan i publicznie spalony miejscowy ksiądz Zabel Schünemann, oskarżany przez radę miejską o malwersacje. W odpowiedzi papież obłożył miasto ekskomuniką. W 1373 ekskomunika została cofnięta, w zamian za co miasto zobowiązane zostało do ponoszenia ciężarów w naturze i pieniądzu na rzecz Stolicy Apostolskiej. Od obowiązku tego zwolniło się dopiero w 1532, wraz z przejściem na protestantyzm. W czasie wojny trzydziestoletniej, we wrześniu 1630, miasto zostało spustoszone i prawie całkowicie zniszczone przez wojska cesarskie.