Ekspedycja towarowa, funkcjonująca później w budynku dworca Nowy Dwór Gdański Wąskotorowy została zamknięta 1 stycznia 1999. W 2000 zlikwidowano dwa tory główne dodatkowe. Obecnie stacja Nowy Dwór Gdański pełni rolę przystanku osobowego oraz ładowni publicznej, do której kilka razy w tygodniu dociera pociąg zdawczy obsługiwany przez PKP Cargo.
Od 4 lipca 2009 do 2013 Arriva PCC (obecnie Arriva RP) wspólnie z Pomorskim Towarzystwem Miłośników Kolei Żelaznych oferowała produkt turystyczny pod nazwą "Wakacyjny pociąg nad morze". W każdą sobotę lipca i sierpnia pociąg osobowy z Grudziądza (poranny) i Kwidzyna (popołudniowy) kursował do Nowego Dworu Gdańskiego, gdzie był skomunikowany z pociągiem Żuławskiej Kolei Dojazdowej kursującym do Stegny i Sztutowa. Pociągi powrotne łączyły Nowy Dwór Gdański ze stacją Toruń Główny i Kwidzyn. Z oferty korzystało nawet 500 osób dziennie.
Lokomotywownia W Nowym Dworze funkcjonowała niewielka, dwustanowiskowa Lokomotywownia. Np. w okresie 1934-1939 była to tzw. Stacja Trakcyjna w Nowym Dworze Gdańskim, w 1941 Lokomotywownia Nowy Dwór Gdański (Lokbf Tiegenhof), zarządzana przez Lokomotywownię w Tczewie (Bw Dirschau).