Dopiero w 1971 zespół ponownie startował w Drugiej Lidze, strefie 1. Pod koniec 1974 roku zarząd Sewastopolskiej stoczni morskiej ogłosił odmowę finansowania zespołu. Na pomoc przyszło Sewastopolskie przedsiębiorstwo przemysłu rybnego "Atlantyka". Klub nazywał się przez rok Chwyla, a potem Atłantyka, aby w 1987 powrócić do starej nazwy Czajka.
W latach 1990–1991 po kolejnej reorganizacji systemu lig ZSRR klub występował w Drugiej Niższej Lidze, strefie 1.
Pierwsze Mistrzostwo Ukrainy w 1992 klub rozpoczął w Pierwszej Lidze, podgrupie 1. Zajął przedostatnie 13. miejsce i spadł do Drugiej Ligi. W sezonie 1995/1996 zajął 12. miejsce w swojej grupie, jednak przez problemy finansowe nie przystąpił do rozgrywek w następnym sezonie.
W sierpniu 1997 roku po znalezieniu sponsora WMS (Wojskowo-Marynarskie Siły Zbrojne) klub przyjął nazwę WMS-Czajka, a w 1998 grał w rozgrywkach o Puchar Krymu.
Po rozwiązaniu głównej drużyny w mieście - Czornomorca, miasto znów straciło prawo gry w rozgrywkach na szczeblu zawodowym. Wtedy latem 2001 roku ba bazie amatorskiej drużyny "Wiktoria" powstał klub Czajka-WMS, który został zgłoszony do rozgrywek w Drugiej Lidze. Zajął ostatnie 18.