Brał udział w przygotowaniach do nieudanej próby odzyskania kontroli nad pałacem cesarskim z 20 sierpnia 1864 roku. Po klęsce zmuszony został do ukrywania się wraz z gejszą imieniem Ikumatsu, która później została jego żoną.
Po tym, jak radykałowie pod przywództwem Shinsaku Takasugiego (1839–1867) przejęli kontrolę nad polityką Chōshū, Kido odegrał kluczową rolę w zawiązaniu sojuszu między Chōshū i Satsumą, który doprowadził do obalenia siogunatu rodu Tokugawa i restauracji władzy cesarskiej.
Mąż stanu w rządzie Meiji Po obaleniu bakufu, Kido odegrał ważną rolę w tworzeniu nowego rządu. Jako cesarski doradca, pomógł w przygotowaniu zniesienia systemu hanowego oraz skorygował Przysięgę statutową. Była to deklaracja w imieniu cesarza, prezentująca nową, ogólną wizję władzy w zmodernizowanym na wzór Zachodu kraju. Nosiła ona nazwę .
W 1871 r. Kōin Kido wziął udział w misji Iwakury do Europy i Stanów Zjednoczonych, gdzie interesowały go przede wszystkim zachodnie systemy edukacji i polityka. Po powrocie do Japonii opowiedział się za stworzeniem rządu konstytucyjnego.