Podczas okupacji niemieckiej, tereny Litwy i Łotwy (w minimalnym stopniu Estonii) stały się jednym z obszarów organizowanej przez nazistowskie Niemcy zagłady Żydów i Romów, przeprowadzonej przy współudziale części społeczeństw tych krajów. Udział w zagładzie Żydów na Litwie latem 1941 roku wzięły także formacje organizowane przez krótko istniejący rząd tymczasowyNależy zaznaczyć, że jednocześnie stosunkowo liczna w stosunku do ludności kraju grupa Litwinów – 889 (na 2016 rok) została nagrodzona tytułem Sprawiedliwych za pomoc Żydom. Antyradzieckie nastawienie społeczeństw państw bałtyckich ułatwiło tworzenie w nich przez Niemców formacji kolaboracyjnych, zwłaszcza na Łotwie (m.in. Litewski Korpus Lokalny, Legion Łotewski SS, 1 Łotewska Dywizja Grenadierów SS, Legion Estoński SS). W Estonii, wbrew prawu międzynarodowemu, Niemcy pod koniec wojny wprowadzili pobór do wojska. Jednocześnie, na terenie ZSRR w Armii Czerwonej były organizowane formacje narodowościowe, złożone z obywateli zajętych nadbałtyckich republik (w tym żołnierzy byłych korpusów terytorialnych) oraz