Potwierdzono również wiodącą rolę NATO w zakresie wspólnej obrony i zapowiedziano zwiększanie stosunków między nim i UE w jego ramach.

Katalizatorem następnych działań w zakresie obrony, także tej wewnętrznej, stały się ataki na USA z 11 września 2001 r. Podczas spotkania w Ottawie 18 grudnia 2001 r. wspólnie je potępiono i wyrażono gotowość do aktywnej walki z terroryzmem. 8 maja 2002 r. na szczycie w Toledo oświadczono, że UE i Kanada będą współpracować, by odciąć źródła finansowania organizacji terrorystycznych i międzynarodowych grup przestępczych. Ponadto UE włączyła Kanadę do organizacji operacji reagowania kryzysowego i zaprosiła ją do udziału w misji w Bośni i Hercegowinie, do której Kanada przystąpiła na początku 2003 r.

18 marca 2004 r. na szczycie w Ottawie UE i Kanada uzgodniły nowy kształt stosunków. Jedną z ich zasad było wzmocnienie współpracy w polityce zagranicznej i bezpieczeństwa, opierając się na wspólnie podzielanym przywiązaniu do skutecznych instytucji wielostronnych i efektywnego globalnego zarządzaniaEU-Canada Summit – Ottawa, 18 March 2004, Press Release, Ottawa (18.03.2004) – press 83, nr 7431/04., co stanowiło potępienie samodzielności USA w stanowieniu porządku międzynarodowego.