Duży wpływ na kształt działań UE w Afryce ma Komisja Europejska, która decyduje stosowaniu środków gospodarczych. Na kraje nie przestrzegające praw człowieka lub toczące wojny, nakładane są sankcje w postaci embarg, w szczególności tych dotyczących handlu bronią. W odniesieniu do krajów starających się zaprowadzać pokój i demokrację, UE stosuje natomiast pozytywne środki ekonomiczne – pomoc humanitarną i przywileje handlowe.
Skuteczność działań UE, do tej pory niewielka z uwagi na ograniczanie się do dyplomacji prewencyjnej, zwiększyła się w 2003 r., gdy zaczęto prowadzić misje petersberskie. W ich ramach np. misja Unii Afrykańskiej w Sudanie otrzymała wsparcie techniczne i logistyczne. W 2005 r. państwa UE wysłały w rejon Darfuru także obserwatorów i planistów, by wspomóc działania stabilizacyjne. W następnych latach Unia jeszcze kilkukrotnie podejmowała dalsze uchwały zwiększające wsparcie dla misji w Sudanie, m.in. decydując o współpracy z tamtejszą policją oraz NATO. Przeznaczyła również 15 mln euro na pomoc misji UA w Somalii.