6 listopada 2003 roku odbył się kolejny szczyt, który zaowocował deklaracją o wzmacnianiu współpracy politycznej i bezpieczeństwa. Z powodu rozszerzenia Unii Europejskiej w 2004 roku konieczne było rozciągnięcie układu o partnerstwie i współpracy na nowe państwa, czego dokonano 27 kwietnia podpisując protokół do układu. Miesiąc później, 21 maja w Moskwie zawarto porozumienie odnośnie do poparcia Unii dla Rosyjskiej akcesji do WTO.
W 2004 roku Rosja odmówiła udziału w Europejskiej Polityce Sąsiedztwa, gdyż nie chciała być postawiona na równi z innymi państwami postradzieckimi. Podczas pomarańczowej rewolucji opowiedziała się po stronie Wiktora Janukowycza, oskarżanego o sfałszowanie wyborów, co spowodowało konflikt z Unią Europejską.
W 2005 roku, gdy w wyniku polsko-rosyjskiego sporu o drugą nitkę rurociągu jamalskiego, Rosja zdecydowało się poprowadzić rurę tranzytową po dnie Bałtyku, Polska zaczęła zabiegać o ustanowienie wspólnej polityki energetycznej, która pozwoliłaby zabezpieczyć się przed nieprzewidzianymi działaniami Rosji.