Wybuch II wojny światowej opóźnił rozpoczęcie nowego roku szkolnego. Niemcy wkroczyli do Zawiercia 4 września 1939 roku. W budynku szkoły początkowo miała swoją siedzibę niemiecka komendantura wojskowa, a następnie szkoła średnia dla młodzieży pochodzenia niemieckiego (Deutsche Staatliche Gimnasium). W lutym 1945 roku otwarto wszystkie zawierciańskie szkoły średnie, w tym Państwowe Gimnazjum i Liceum Koedukacyjne. W budynku szkoły do końca marca 1946 roku znajdował się szpital dla Armii Czerwonej, w związku z czym zajęcia odbywały się w niewielkim baraku przy ul. Hanki Sawickiej. W pierwszych latach po wojnie na terenie szkoły działały organizacje młodzieżowe (m.in. spółdzielnia uczniowska, 89. Drużyna Harcerska im. Lisa-Kuli, PCK, TPŻ, LM, ZWM, TPPR, ZMP, ZMS). 1 września 1948 roku połączono Gimnazjum i Liceum ze Szkołą Podstawową nr 2, tworząc Szkołę Ogólnokształcącą Męską Stopnia Podstawowego i Licealnego z siedzibą w budynku Szkoły Podstawowej nr 2 przy ul. Niedziałkowskiego.