Gryzonie z rodzaju Chinchilla zostały przez człowieka przetrzebione i nie można obecnie stwierdzić, czy w niedalekiej przeszłości nie istniały odrębne gatunki lub podgatunki szynszyli.
Po przeprowadzeniu porównawczych badań genetycznych osobników z kolonii żyjących w okolicach Auco, z szynszylami z rejonu Talca naukowcy stwierdzili, że różnice w budowie genetycznej między poszczególnymi populacjami żyjącymi na wolności są duże. Zdaniem badaczy forma udomowiona szynszyli jest w rzeczywistości hybrydą powstałą w wyniku krzyżowania gatunków z rodzaju Chinchilla, prawdopodobnie C. lanigera z C. chinchilla (C. brevicaudata). Wobec tego faktu, a także znacznych różnic, jakie po udomowieniu tych Chinchilla zachodzą na skutek inbredu, uzasadnione byłoby używanie odrębnego określenia dla formy szynszyli udomowionych. Mimo licznych aluzji w literaturze zoologicznej formalnie nie została przyjęta żadna odmienna forma nazewnictwa dla szynszyli hodowlanej.
W obrębie C. chinchilla wyodrębniane są dwa podgatunki: C. chinchilla chinchilla Lichtenstein, 1829 C.