Okoliczności śmierci 12 września 1998, kiedy wychodził wraz z ochroniarzami z siedziby Demokratycznej Partii Albanii w Tiranie został ostrzelany z samochodu zaparkowanego na sąsiedniej ulicy. Hajdari trafiony dwukrotnie zginął na miejscu, podobnie jak jego ochroniarz Besim Cerja, drugi Zenel Neza został ciężko ranny. Z ran zmarł także jeden z zamachowców. Śmierć Hajdariego, określanego przez prasę Albańskim Wałęsą doprowadziła do ulicznych demonstracji i ataku zwolenników Hajdariego na siedzibę Prezesa Rady Ministrów w Tiranie.
Ustalenie winnych śmierci Hajdariego było b. trudne wskutek zaniedbań policji, która nie zabezpieczyła w odpowiedni sposób miejsca przestępstwa. Zginęły rzeczy osobiste zamordowanego, w tym telefon komórkowy, z którego rozmawiał kilka minut przed śmiercią. Winnymi śmierci Hajdariego uznano grupę, kierowaną przez Fatmira Haklaja i Jaho Salihiego (Mulosmaniego), który w 2001 przed sądem w Tiranie przyznał się do udziału w zabójstwie. Prasa albańska sugerowała, że Hajdari brał udział w nielegalnym handlu bronią z Kosowem i padł ofiarą jednej z grup przestępczych, zaangażowanych w podobny proceder.