We wrześniu 1939 dostał się do sowieckiej niewoli. Uwięziony w Skolem, został przetransportowany do Charkowa. Po roku stanął przed sądem wojskowym i otrzymał wyrok pięciu lat ciężkiej pracy, był więźniem łagru nad Peczorą. Tam przeszedł głęboką przemianę wewnętrzną i stał się gorliwym katolikiem, co miało wpływ na resztę jego życia, również artystycznego.

W 1942 udało mu się wstąpić do Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR, następnie do Armii Polskiej na Wschodzie. Razem z armią poprzez Iran dostał się do Palestyny, skąd ze względu na bardzo zły stan zdrowia został za wstawiennictwem żony przetransportowany do Wielkiej Brytanii.

Po przybyciu do Londynu namalował cykl obrazów przedstawiających realistyczne sceny z życia w łagrze. Od 1943 pracował w polskim Ministerstwie Informacji w Londynie. W 1944 otrzymał II nagrodę na konkursie sztuki sakralnej w Londynie, po którym zaproponował Kossowskiemu członkostwo w Związku Artystów Katolickich. Wkrótce dzięki protekcji związku otrzymał propozycję stworzenia wystroju wnętrza kościoła karmelitów w Aylesford, w południowej Anglii. Składa się on z przeszło sto obiektów: ceramicznych rzeźb, mozaik, witraży i elementów z kutego żelaza.