Tak jak ptaki z czasem zredukowały ogon, wykształciły różnego rodzaju dzioby i niektóre utraciły zęby, a tak jak u nietoperzy elementem nośnym skrzydeł była błona skórna. thumb|260px|Pterodactylus W toku ewolucji pterozaury wykształciły dwie linie. Wcześniejsze długoogonowe (Rhamphorhynchoidea) charakteryzowały się długim ogonem i stosunkowo krótkimi kośćmi kończyn przednich i późniejsze krótkoogonowe (Pterodactyloidea) miała z kolei tylko bardzo krótkie ogony i długie kości przednich łap. Obecnie odchodzi się już od tego klasycznego podziału i nie zakłada się, że krótkoogonowe pochodzą od długoogonowych, ale zgodnie z ich filogenezą stanowią grupę parafiletyczną.
Systematyka Pterozaury tradycyjnie były dzielone na 2 podrzędy: wcześniejszy (od późnego triasu do późnej jury) Rhamphorhynchoidea o długich ogonach jak Dimorphodon i Rhamphorhynchus i późniejsze (od późnej jury do późnej kredy), o krótkich ogonach pterodaktyle (Pterodactyloidea) takie jak Pterodactylus, Pteranodon i ogromny Quetzalcoatlus.