Samuel Pepys (ur. 23 lutego 1633 w Londynie, zm. 26 maja 1703 w Clapham) – angielski urzędnik państwowy, pamiętnikarz. Wsławił się pamiętnikami pisanymi w latach 1660–1669.
Życiorys Pepys urodził się w Londynie jako syn Jana (ur. 1601, zm. w 1680 r.), z zawodu krawca, i Małgorzaty (z domu Kite – zm. w 1667 r.) – według jednych źródeł praczki, według innych służącej, umiejącej słabo czytać i pisać. Najstarszy z czwórki żyjącego rodzeństwa (Pepysowie mieli w sumie jedenaścioro dzieci), pozostali to: Tomasz (ur. 1635, zm. 1664), Paulina (ur. 1640, po mężu Jackson, jej syn John Jackson był jedynym spadkobiercą Samuela), Jan (ur. 1641). Uczył się w przykatedralnej szkole św. Pawła w południowo-zachodnim Londynie, a potem w kolegium Magdalene Uniwersytetu Cambridge.
Pepysowie byli starym rodem drobnoszlacheckim zamieszkującym okolice Cambridge. Linia Samuela wywodziła się z Brampton, wsi leżącej na północny zachód od Londynu (obecnie Cambridgeshire). Bliskimi ich sąsiadami była rodzina Cromwellów, którzy tamtejsze dobra ziemskie odsprzedali sir Sydneyowi Montagu, ojcu Edwarda Montagu, wujowi Samuela drugiego stopnia. Był on protektorem Pepysa.