Dalsza część Wąwozu Kraków Dalsza, znacznie większa część Wąwozu Kraków objęta jest ochroną ścisłą i jest niedostępna ani dla turystów ani taterników. Nazwa wąwozu ma korzenie góralskie: górale wędrujący sporadycznie do Krakowa zauważyli podobieństwo wąskich uliczek krakowskiego Starego Miasta do skalnego wąwozu w Dolinie Kościeliskiej. Stąd pochodzi nazwa całej doliny (Kraków) oraz znajdujących się w jej otoczeniu turni (Ratusz, Baszta, Kościół), jaskiń (Smocza Jama) oraz rozszerzenia doliny (Rynek). Wąwóz zawalony jest tutaj drzewami i poprzegradzany progami (najwyższy z nich ma wysokość około 10 m). Wyżej wąwóz znacznie się rozszerza (Płaśń między Progi). Część doliny zatraca charakter kanionu, jeden z biegów natomiast staje się Żlebem Trzynastu Progów – kolejnym wąwozem, tym razem znacznie bardziej stromym (trudności wspinaczkowe), przypominającym pozbawioną stropu jaskinię.
Przyroda W otoczeniu Wąwozu Kraków są liczne przykładu lasu urwiskowego, często bywają tutaj dzikie zwierzęta, włącznie z niedźwiedziem i wilkiem. Występuje bogata flora, m.in. w Tatrach opisana tylko na dwóch stanowisk pluskwica europejska (drugie jej stanowisko opisano w Organach).