Eugen Fraenkel (ur. 28 września 1853 w Prudniku, zm. 20 grudnia 1925 w Hamburgu) – niemiecki lekarz patolog i bakteriolog. Pracując w Eppendorfer Krankenhaus, odkrył pałeczki wywołujące zgorzel gazową (Clostridium perfringens, dawniej nazywane Bacillus Fraenkeli).
Życiorys Eugen Fraenkel pochodził z rodziny żydowskiej. Jego ojcem był doktor medycyny Wolff Wilhelm Fraenkel (1826–1901), a matką Johanna Haase (1833–1908). W 1880 poślubił Marie Deutsch (1861–1944). Marie była córką Marcusa Deutscha i Cäcilie Fränkel (córka Samuela Fränkla). Mieli troje dzieci: Maxa (1882–1938), Hansa (1888–1971) i Margarete (1884–1944). Po zawarciu małżeństwa przeprowadzili się do Hamburga i przeszli na protestantyzm.
W 1892 Eugen Fraenkel jako pierwszy wykrył przyczynę szerzącej się w Hamburgu cholery. W tym samym roku we współpracy z Williamem Welchem odkrył laseczkę zgorzeli gazowej, zwanej również bakterią Welcha-Fraenkla.
Podczas I wojny światowej służył jako lekarz frontowy w Armii Cesarstwa Niemieckiego.