Ostatni atak szwedzki przeżyła Bydgoszcz 16 maja 1658 roku. Podczas gdy większość mieszkańców bawiła się na hucznym weselu, do miasta wkroczyła z zaskoczenia załoga szwedzka z Torunia i złupiła je.
Traktaty welawsko-bydgoskie
thumb|240px|Fryderyk Wilhelm Hohenzollern – współsygnatariusz traktatów welawsko-bydgoskich thumb|Dawne kolegium jezuickie w Bydgoszczy (1647 r.)|240px Wyjątkowo ważne wydarzenia w skali historii Polski, a nawet całej Europy, rozegrały się 6 listopada 1657 roku na Starym Rynku. Król Jan Kazimierz i elektor Prus Książęcych Fryderyk Wilhelm Hohenzollern podpisali i zaprzysiężyli wtedy słynne traktaty welawsko-bydgoskie, które unieważniały postanowienia traktatu krakowskiego z 1525 r. Na ich mocy, w zamian za doraźny sojusz polityczny przeciw Szwedom Prusy Książęce (dotychczas lenno polskie) uzyskały suwerenność, zrywając dotychczasową zależność od Polski. Nowy podmiot polityczny z czasem coraz bardziej zagrażał Polsce.
Okres stabilizacji w II połowie XVII wieku
Po szwedzkim potopie, Bydgoszcz przedstawiała o wiele gorszy wygląd, niż 5 lat wstecz. Domy były w większości spalone, świątynie zdewastowane, zamek, ratusz i mennica w ruinie, ulice zniszczone. Wioski podmiejskie (np. Bartodzieje) były całkowicie wyludnione.