W 1944 opuścił Lwów, a rok później osiedlił się w Krakowie. W pierwszych latach po wojnie włączył się aktywnie w prace naukowe i organizacyjne Komitetu Naukowego do Ziem Odzyskanych. Nowe władze początkowo nie zgodziły się na podjęcie przez Bujaka pracy na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Znajdował się pod kontrolą organów bezpieczeństwa. Jednak w grudniu 1946 został mianowany profesorem zwyczajnym Katedry Ekonomiki Spółdzielczej na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Z tego powodu nie objął proponowanej mu wcześniej Katedry Historii Gospodarczej i Geografii Politycznej na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Poznańskiego. W 1945 został przewodniczącym Komisji Socjologicznej. W 1948 przeszedł na emeryturę, a w 1949 opublikował ostatnią pracę naukową. W 1952 Bujak został członkiem tytularnym Polskiej Akademii Nauk.
W 1947 wycofał się z życia publicznego, rozczarowany marginalizowaniem przez władze komunistyczne ugrupowań chłopskich, w tym popieranego przez siebie Związku Młodzieży Wiejskiej RP „Wici”. Jego naturalistyczny i neokonserwatywny światopogląd spotkał się z chłodną oceną inteligencji okołorządowej.