Do narzędzi takich można zaliczyć:
Ant, Maven – automatyzacja procesu budowania aplikacji, XDoclet – generowanie kodu, plików konfiguracyjnych czy skryptów, różne narzędzia do testowania: JUnit, Cactus.
Ponadto do narzędzi takich zaliczane bywają alternatywy dla standardowych interfejsów Java Enterprise:
narzędzia do mapowania obiektowo-relacyjnego: iBATIS – alternatywy dla JPA, frameworki tworzenia interfejsu użytkownika w technologii w aplikacjach internetowych JSF, Struts, WebWork, Spring Framework, JBoss SEAM Framework – alternatywy dla JSP.
Historia Początki Java Enterprise sięgają grudnia 1999 roku, kiedy to została wydana wersja J2EE 1.2. Zakres API wchodzących w skład Java Enterprise zmieniał się w kolejnych wersjach. Niektóre interfejsy były zastępowane przez nowsze wersje, inne przenoszone do zestawu API Java Standard Edition. W każdej wersji definiowano nową wersję standardu Java Platform oznaczaną numerem wydania. Pozostałe zmiany zostały zaprezentowane poniżej.