W marcu 1936 pod auspicjami partii specjalna konferencja pisarzy odrzuciła „formalizm i naturalizm”, atakując również Pilniaka.

We wrześniu 1936, po sierpniowym pokazowym procesie Grigorija Zinowjewa i Lwa Kamieniewa, który był wstępnym aktem „wielkiego terroru” w ZSRR, na masówce pisarzy, na której twórcy odcinali się od związków ze skazanymi i trockizmem, Pilniak przyznał się wspomagania finansowego właśnie aresztowanego przez NKWD Karola Radka – jednak odmówił złożenia samokrytyki, stwierdzając że jego zachowanie nie miało politycznego podłoża. Po II procesie moskiewskim (w którym został skazany Radek), w lutym 1937 Pilniak został ponownie zaatakowany w prasie, przywoływano również wcześniejsze kontrowersje związane z Opowieścią niezgaszonego księżyca. W tym momencie złożył samokrytykę, a kolejny utwór, Magazyn soli, utrzymał w klasycznej realistycznej konwencji.

Został aresztowany przez NKWD 28 października 1937Жертвы политического террора в СССР Пильняк-Вогау Борис Андреевич razem z wieloma innymi pisarzami. 21 kwietnia 1938 skazany na śmierć przez Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego ZSRR za „udział w organizacji kontrrewolucyjnej, przygotowaniu aktów terrorystycznych i szpiegostwo”.