Zajął się przede wszystkimi przyczynami upadku Rzeczypospolitej, zwłaszcza w okresie rozbiorów. Uważał, że podstawą rozwoju społeczeństwa jest silna władza. Starał się wykazać, że ilekroć wytworzono silne i mające wizję organy władzy centralnej, osiągano wysoki stopień potęgi i rozwoju. Jego zdaniem katastrofy polityczne łącznie z zaborami były rezultatem słabości władzy centralnej, co świetnie umieli wykorzystać sąsiedzi. Dzieło wywołało szeroki odzew oraz sprzeciw, tym bardziej, że katastrofę rozbiorów kładł na karb polskiej anarchii, zamiast – jak dotychczas czyniono – na karb pazerności państw zaborczych. Był zdecydowanym przeciwnikiem powstań narodowych w XIX wieku, które uważał za szkodliwe. Opowiadał się za koncepcją pracy organicznej, która miała doprowadzić stopniowo do odrodzenia państwa polskiego. Drugą najbardziej znaną jego pracą jest dwutomowe Wskrzeszenie państwa polskiego, w którym opisał wypadki z lat 1914–1923, starając się zarazem wyjaśnić postawę konserwatystów krakowskich wobec nich. Do jego oponentów należeli Henryk SchmittRozbiór dzieła pod tytułem Dzieje Polski w zarysie przez Michała Bobrzyńskiego Kraków, 1882. i Władysław KonopczyńskiHistoria, nacjonalizm a dobry humor, Psychologia ekscelencji Bobrzyńskiego..