Z kościoła romańskiego zachowała się wieża i nawa bez przekrycia.
Szkoła burgundzka trzeci kościół opactwa w Cluny (zbudowany w latach 1085–1130), zniszczony podczas Rewolucji Francuskiej, następnie rozebrany i sprzedany jako materiał budowlany. Ocalało jedynie ramię zachodniego transeptu. Był to kościół pięcionawowy z dwoma transeptami w części wschodniej – transept zachodni i znacznie krótszy wschodni. Nad skrzyżowaniem nawy głównej i transeptu zachodniego zbudowano potężną wieżę. Dodatkowe wieże wzniesiono nad skrzyżowaniem z nawami bocznymi oraz nad transeptem wschodnim w osi kościoła, nad bocznymi nawami przy transepcie zachodnim i przy fasadzie zachodniej (w sumie zbudowano pięć wież). Do wnętrza prowadził narteks, a prezbiterium otaczał ambit z wieńcem kaplic rozmieszczonych w licznych absydach. Niewielkie absydy rozmieszczono także wzdłuż transeptów (w sumie zbudowano 15 absyd). Kościół stał się inspiracją dla późniejszych budowli, ale nie doczekał wiernego naśladownictwa przede wszystkim z uwagi na swój ogrom. Uważa się, że wywarł ogromny wpływ na kształtujący się gotyk. kościół Saint-Philibert w Tournus z nawą główną przykrytą kolebkami umieszczonymi prostopadle do osi kościoła.