Było to jednak zwycięstwo okupione dużymi stratami – zginął Jan Hunyady – główny sojusznik Stefana Tomasza.
II wyprawa turecka na Bośnię W 1458 r. Turcy ponownie zaatakowali Bośnię a Stefan Tomasz nie uzyskał pomocy od nikogo ze sojuszników. Udało mu się jednak zażegnać konflikt poprzez zawarcie pokoju z Turcją na mocy którego Bośnia miała płacić wyższy haraczL. Podhorodecki, Jugosławia. Zarys dziejów, Warszawa 1979, s. 82..
Ostatnie lata panowania Ponieważ nowy despota serbski Stefan V Ślepy współudział z wojskami turecki Stefan Tomasz zawarł sojusz z opozycjonistami serbskim. Doprowadził do ślubu swojego syna Stefana Tomaszewicza Kotromanowicza z córką zmarłego despoty Łazarza II i wprowadzić go na tron serbski (1459). Jednak zamiast wzmocnić to pozycję Bośni doprowadziło do eskalacji konfliktu bośniacko-tureckiego. Turcy zlikwidowali despotowinę, a działania Stefana Tomasza potępił król Węgier Maciej Korwin, którego ten jeszcze rok wcześniej uznał zwierzchnictwo. Zwrócił się więc o pomoc do papieża Piusa II o zorganizowanie krucjaty. Papież udzielił zgody na taką wyprawę, ale w zamian zażądał likwidacji patarenskiej cerkwi bośniackiej. Na przełomie 1460/1461 Stefan Tomasz podjął się jej likwidacji w wyniku część patarenów zbiegła do Hercegowiny.