W wyniku rosnącego niezadowolenia oraz radykalizacji sceny politycznej rosło znaczenie grup wzywających do utworzenia tamilskiego państwa środkami militarnymi, spośród których wyróżniała się organizacja Tygrysów Wyzwolenia Tamilskiego Ilamu, założona przez Velupillai Prabhakarana. Na przemoc ze strony policji i wojska Tamilskie Tygrysy odpowiedziały atakami terrorystycznymi, które doprowadziły do pogromów ludności tamilskiej w stolicy i innych częściach kraju. Narzędziami przemocy stali się młodzi ludzie obu narodowości – tak Tamilowie, jak i Syngalezi charakteryzowali się bardzo młodymi populacjami w fazie bumu demograficznego. Wojna domowa, która została zakończona rozejmem w 2002 r., od 2006 roku rozgorzała na nowo.

Do tej pory konflikt między mniejszością tamilską a władzami wyspy pochłoną okołu 70 tysięcy ofiar.

Z samego miasta Kilinochchi armia Sri Lanki wycofała się w 1990 r., umożliwiając LTTE przejęcie kontroli nad miastem po raz pierwszy. Wojska SLA ponownie zajęły miasto po sukcesie operacji Sathjaya I, II i III we wrześniu 1996 r. Jednakże LTTE przejęły miasto we wrześniu 1998 r.