Z wojska pruskiego uciekało wielu żołnierzy, a księżom katolickim zakazano udzielania im spowiedzi, co było formą represji wymierzonej przeciwko Kościołowi katolickiemu.
Andreas Faulhaber został aresztowany 5 września 1757 na podstawie zeznań dwóch dezerterów: Josepha Nentwiga i Johanna Georga Veitha, którzy zeznali zaraz po schwytaniu, że do dezercji namówił ich na spowiedzi ks. Faulhaber. Rozkaz schwytania kapłana wydali ówczesny komendant twierdzy kłodzkiej de la Motte-Foque i jego zastępca major d’O.
Po dwóch miesiącach procesu, 28 października, mimo iż nie przyznał się do winy, został skazany na śmierć przez króla pruskiego Fryderyka II Wielkiego. W trakcie procesu odmówiono mu prawa do obrońcyInne źródła podają, że sam zrezygnował z adwokata, ufając Bogu i słusznej sprawie..
30 grudnia 1757 został powieszony bez sakramentów i z zakazem pogrzebania zwłok. Jego zwłoki wisiały ponad dwa lata, do czasu przybycia oddziałów austriackich. Jak wtedy stwierdzono, nie uległy one cudownie rozkładowi.
Pogrzeb Uroczysty pogrzeb odbył się 28 lipca 1760 w kościele pw. Wniebowzięcia NMP. Na nagrobku napisano: