Kaplica ta była przewidziana do rekonstrukcji według projektu Mariana Lalewicza w 1939, zaś po 1945 do odbudowy, ale została w 1954 roku zburzona.
Pretekst żądań władców Rosji względem królów Polski Kaplica Moskiewska była pretekstem szeregu żądań wysuwanych przez kolejnych przedstawicieli dynastii Romanowów do władców Rzeczypospolitej w XVII i XVIII w.
Car Wasyl IV Szujski, przebywał w polskiej niewoli po swojej detronizacji 17 lipca 1610, w tym czasie carem Moskwy i Wszechrusi był królewicz Władysław IV Waza. Mimo to, Kaplica Moskiewska i inne przedmioty, dokumentujące pobyt w Rzeczypospolitej cara Wasyla IV Szujskiego i jego rodziny stanowiły „sól w oku” późniejszych władców dynastii Romanowów. W czasach cara Michała I Romanowa strona moskiewska podjęła negocjacje w celu odzyskania zwłok cara Wasyla IV Szujskiego i jego rodziny. Po pokoju w Polanowie ciała cara, brata i księżnej Jekateriny wydano Rosji w 1635. W 1647 od cara Aleksego I Romanowa wpłynęła prośba strony moskiewskiej, aby zburzyć Kaplicę Moskiewską – wówczas jedyną prawosławną kaplicę grobową w Warszawie, lecz król Władysław IV odmówił, przekazując, że może zwrócić tablicę nagrobną. Kolejne żądania dotyczyły opisów polskiego tryumfu.