ma także emocje związane z Asuką przeplatane miłością i nienawiścią. Asuka próbuje zmusić Shinji‘ego do przyznania się, że próbował ją pocałować podczas gdy ona spała. W późniejszych odcinkach, Shinji całuje się z Asuką rzekomo ze znudzenia Asuki. Shinji jest nieśmiały i bojaźliwy, a kiedy przychodzi mu rozmawiać z obiektami jego zainteresowania seksualnego staje się bardziej nieśmiały niż zwykle i odczuwa lęk. Asuka pociąga go seksualnie, Shinji nawet masturbuje się nad nią, kiedy dziewczyna wydaje się być w stanie śpiączki (na początku filmu Air/Magokoro o, kimi ni).
Shinji niechętnie pilotuje Evę, jednak matka, której dusza została umieszczona w Jednostce 01 daje mu siłę. Czasami EVA-01 wpada w „berserk”, stan w którym Evangelion aktywuje się bez widocznego źródła energii, pomagając Shinji’emu w trudnych sytuacjach. Raz, kiedy EVA-01 osiągnęła tryb „berserk”, Shinji uzyskał poziom synchronizacji rzędu 400% i został wchłonięty przez Evangeliona, gdzie spotkał swoją matkę.