Rebuild of Evangelion W Rebuild of Evangelion Shinji powraca jako główny bohater Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone, gdzie jest on bardziej otwarty i mniej wycofany niż jego odpowiednik telewizyjny. W tym filmie rola Shinjiego jest bardzo podobna do tej z serii. Zostaje on przydzielony do pilotowania Jednostki-01 i pracuje razem z Rei, aby pokonać anioła Ramiela. W Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance, Shinji niechętnie kontynuuje swoje obowiązki pilotowania Unitu-01. Po bitwie z Bardielem, w której jego ojciec zmusił go do poważnego zranienia (uwięzionej w zaatakowanej przez anioła EVIE) Asuki, Shinji wycofuje się z obowiązków i opuszcza NERV. Kiedy Zeruel pochłania Rei, Shinji powraca i pokonuje Anioła, powodując Trzecie Uderzenie przez to, co zdaje się połączeniem z Evangelionem. W Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo, piętnaście lat później Shinji zostaje przebudzony w świecie zmienionym przez Trzecie Uderzenie, które zaczął. Wszyscy traktują Shinjiego podejrzliwie, z wyjątkiem oferującego mu przyjaźń i zaufanie Kaworu. Klon Rei teraz pilotuje Jednostkę-09. Po tym, jak Shinji uświadamia sobie, że nie ocalił Rei, on i Kaworu pilotują EVĘ-13, najpotężniejszy znany Evangelion.