W czasie jednego z przesłuchań miał rozmawiać z samym Feliksem Dzierżyńskim i odrzucić jego propozycję wyjazdu poza stolicę. Ostatecznie został jednak zwolniony.
Przy parafii zorganizował Bractwo Gorliwych Szermierzy Prawosławia im. św. metropolity Aleksego, które prowadziło działalność katechizacyjną i organizowało spotkania modlitewne. W 1927 poparł deklarację metropolity Sergiusza, w której ten zobowiązywał Rosyjski Kościół Prawosławny do zachowania lojalności wobec władz. Miedwiedź napisał list pasterski, w którym krytykował postawę tej części hierarchii, jaka wystąpiła w tym momencie z Cerkwi, uznając takie postępowanie za niepotrzebne dzielenie prawosławnych.
Represje 16 lutego 1931 Roman Miedwiedź został aresztowany i uwięziony na Butyrkach mimo fatalnego stanu zdrowia. W kwietniu 1931 razem z grupą parafian został oskarżony o działalność kontrrewolucyjną i skazany na 10 lat łagru. 9 czerwca tego samego roku znalazł się w obozie w Kiemie, jednak uzyskał zmianę kary na zesłanie administracyjne w Wołokołamsku, a następnie w Walentinowce z powodu ciężkiej choroby. Mieszkał następnie w Czerkasach i Małojarosławsku, gdzie wrócił do pracy duszpasterskiej w cerkwi Kazańskiej Ikony Matki Bożej.