We wrześniu 1939 roku stado liczyło już 40 sztuk, jednak podczas II wojny światowej hodowla została zniszczona, a część koni została zrabowana i wywieziona do Rzeszy na potrzeby badań prowadzonych przez naukowców niemieckich. Po zakończeniu wojny rozpoczęto odbudowę hodowli z udziałem nielicznych koników rozproszonych po kraju i rewindykowanych z Niemiec (poza stadem białowieskim). W roku 1949 ocalałe zwierzęta trafiły do stadniny w Popielnie i tam też rozpoczęto powtórną ich hodowlę. W roku 1952 trafiła tam również grupka koników z Białowieży. W 1955 roku stadninę w Popielnie przejęła Polska Akademia Nauk, następnie podjęto przerwany eksperyment prof. Vetulaniego. W 1976 roku W.K. Gładenko, wykorzystując dane archeologiczne, osteologiczne i czaszkowe, doszedł do wniosku, że miejscowe konie Białorusi i Polski Wschodniej pochodziły z dzikich tarpanów leśnych, które miały wszystkie zewnętrzne cechy charakterystyczne dla koni północnego korzenia leśnegoГладенко В.К. Белорусская лошадь. – Минск: Ураджай, 1976. -108с.. W 2014 opublikowano inny pogląd co do pochodzenia koników polskich.