Walka Zazubrin stopniowo popadał w niełaskę. Wraz ze zmianą władzy na Syberii w 1926 zmieniło się również nastawienie do literatów skupionych wokół "Sibirskich Ogni". W roku 1927 trwała nieustanna nagonka w prasie na ludzi związanych z tym pismem. Zarzucano mu "syberyjski regionalizm i separatyzm, a dalej przemycanie ideologii kułacko-burżuazyjnej, nastroje antypartyjne, etc., etc."H. Chłystowski, dz. cyt. s. 127-128 W czerwcu 1928 Zazubrin został usunięty z redakcji pisma i z funkcji przewodniczącego Syberyjskiego Związku Pisarzy oraz wykluczony z WKP(b). Z trudnej sytuacji wyratował go Maksym Gorki, który pomógł mu znaleźć pracę w moskiewskim Goslitizdacie (Państwowym Wydawnictwie Literackim) oraz w pismach "Naszy Dostiżenija" i "Kołchoznik" a także umożliwił wydanie powieści Gory (Góry) – najpierw w piśmie "Nowy Mir" w 1933, a roku później w wydaniu książkowym. Powieść spotkała się z ostrą krytyką. W 1934, podczas I Zjazdu Pisarzy Radzieckich, Zazubrina skreślono z listy członków zarządu Związku Pisarzy Radzieckich.
28 czerwca 1937 podczas wielkiej czystki został wraz z żoną Warwarą Prokopiewną aresztowany przez NKWD i dokładnie 3 miesiące później rozstrzelany w więzieniu Lefortowo. Listę, na której go umieszczono, podpisali: Stalin, Mołotow, Woroszyłow, Żdanow i Kaganowicz.