Niegdyś kwitnący Askalon został zaatakowany przez agresywną rasę popielców i jego mieszkańcy są zmuszeni uchodzić przez Dreszczogóry do Królestwa Kryty, gdzie zostają uwikłani w działalność dziwnych kultów i nigdy do końca nie wiedzą kto jest wrogiem, a kto przyjacielem.
Factions Osią fabuły jest historia Shiro Tagachiego, byłego ochroniarza cesarza Kintaju, który 200 lat przed wydarzeniami w kampanii zamordował cesarza. Za ten czyn został skazany na śmierć. Kiedy umierał, Shiro Tagachi wydał z siebie okrzyk, który spowodował zamianę wszystkich mórz w jadeit, a także skamienienie lasów. 200 lat po tych wydarzeniach powraca i postanawia zawładnąć Kintajem. Celem gracza jest powstrzymanie go.
Oprócz tego historia opowiada losy dwóch wrogich frakcji – Luxonów (podróżujących po morzach jadeitu), a także Kurzików (żyjących w lasach), które walczą ze sobą o zasoby Kintaju – czyli przede wszystkim jadeit i bursztyn. Powodem trwającego 200 lat konfliktu jest spór o to, który z czempionów (Luxoński Archemorus czy Kurzickowy Wiktor) zabił Shiro Tagachiego.