Historia 240px|mały|Grupa południowa Wysp Farallońskich od Maintop Island (z prawej) Wyspy znane były Indianom zamieszkującym okolice Zatoki San Francisco na wiele wieków przed przybyciem białych, ale nie przypuszcza się, by odwiedzali je często. Pierwszym Europejczykiem który opisał te wyspy był angielski korsarz sir Francis Drake, który wylądował tu 24 lipca 1579, z zamiarem zaopatrzenia statku w focze mięso i ptasie jaja. Nazwał je Wyspami Św. Jakuba, ale nazwa ta przetrwała jedynie w postaci nazwy skalistej wysepki grupy północnej. Ostatecznie wyspy otrzymały nazwę „Farallones” (dosłownie Skały), którą nadał im w roku 1603 Sebastián Vizcaíno, hiszpański kartograf i odkrywca.
W ciągu dwóch kolejnych stuleci wyspy były eksploatowane przez łowców fok z Nowej Anglii i z Rosji. Rosjanie w latach 1819–1838 mieli na wyspach swoją bazę, dziesiątkując miejscowe uchatki, których populacja została odnowiona dopiero po objęciu archipelagu ochroną.