Kilonia () – miasto na prawach powiatu w Niemczech, stolica kraju związkowego Szlezwik-Holsztyn (Schleswig-Holstein). Obecnie (stan na grudzień 2021) liczy 246 243 mieszkańców i należy do 30 największych miast w Niemczech.
Kilonia leży nad Zatoką Kilońską w południowo-zachodniej części Morza Bałtyckiego. Jest jednym z większych portów na Bałtyku i jednym z większych w Niemczech. Pod Kilonią znajduje się wejście do Kanału Kilońskiego, łączącego Morze Bałtyckie (Zatoka Kilońska) z Morzem Północnym (u ujścia Łaby).
Historia mały|lewo|130px|Herb Kilonii w sali plenarnej staromiejskiego ratusza w Gdańsku Zatokę Kilońską prawdopodobnie jako pierwsi zasiedlili Normanowie lub wikingowie, którzy najeżdżali te tereny i usiłowali bezskutecznie kolonizować. Samo miasto zostało założone w roku 1233 jako Holstenstadt tom Kyle przez hrabiego Adolfa IV Holsztyńskiego. Jako stolica hrabstwa (a następnie księstwa) Kilonia należała do Świętego Cesarstwa Rzymskiego, a położona była zaledwie kilka kilometrów od granicy z Danią. Od roku 1284 była członkiem Ligi Hanzeatyckiej, z której wykluczono ją w 1518 roku za dawanie schronienia piratom.