Od maja 1939 rozpoczął pracę w Ministerstwie Spraw Wojskowych w charakterze referenta wyszkolenia w Departamencie Zdrowia Wydziału Weterynaryjnego.
W 1939 brał udział w kampanii wrześniowej, a następnie przedostał się do Rumunii. Z tego kraju trafił do Francji i brał udział w wojnie 1940 r. Za swoją służbę otrzymał francuskie odznaczenie "Croix de Guerre". Następnie przedostał do Szwajcarii, gdzie był internowany. Po zwolnieniu z obozu rozpoczął pracę w Zakładzie Badania Chorób Pszczół (Versuchsanstalt für Bienenkrankheiten) w Liebefeld (Szwajcaria), którym kierował prof. Otto Morgenthaler. W 1941 r. zmuszony był wrócić do Francji. Tam otrzymał stypendium i w Stacji Zoologicznej - jej dziale chorób pszczół – współpracował z prof. Paillot. Z Francji przedostał się do Anglii i tam jako spadochroniarz uległ wypadkowi. Po leczeniu współpracował z dr. Butlerem w Rothamsted Experimental Station. Z Wielkiej Brytanii w 1946 powrócił do Polski w stopniu majora.
Kirkor był organizatorem oraz kierownikiem Zakładu Chorób Pszczół Państwowego Instytutu Weterynaryjnego w Gorzowie Wielkopolskim. Placówka ta powstała w tym mieście 15 sierpnia 1946 Zakład Chorób Pszczół PIWet.