Francisco José Ayala (ur. 12 marca 1934 w Madrycie, zm. 5 marca 2023Muere el genetista Francisco J. Ayala a los 88 años de edad ) – amerykański genetyk, ewolucjonista i filozof pochodzenia hiszpańskiego.
Życiorys Studiował biologię i teologię na Uniwersytecie Complutense w Madrycie, ukończył go w 1955 roku. W 1960 roku wstąpił do zakonu dominikanów. W tym samym roku spotkał Theodosiusa Dobzhansky’ego, pod którego opieką uzyskał w 1964 roku stopień doktora na Columbia University. W 1971 roku przyjął obywatelstwo amerykańskie i zatrudnił się na Wydziale Genetyki na University of California, Davis. W 1987 roku przeniósł się na University of California, Irvine, gdzie wykładał zarówno biologię ewolucyjną, jak i filozofię.
Początkowo prowadził badania dotyczące genetyki populacyjnej i ekologii muszek owocowych. W późniejszym czasie zajmował się genetyką i ewolucją pierwotniaków wywołujących choroby tropikalne (m.in. świdrowcem amerykańskim powodującym chorobę Chagasa).