W roku 1843 w wyniku kolejnego zamachu stanu Espartero został obalony, 8 listopada 1843 Izabelę ogłoszono dorosłą (miała 13 lat) i wstąpiła na tron jako Izabela II.thumb|left|Obchody święta królowej Hiszpanii Izabeli II w Sajgonie 17 stycznia 1863 r.
Okres rządów Izabeli był czasem pałacowych intryg i spisków. 28 września 1868 roku wojska królowej zostały ostatecznie pokonane pod Acolą. Rewolucyjna junta proklamowała w Madrycie podstawowe wolności i ogłosiła detronizację Izabeli II, 27 czerwca 1870 roku podpisała akt abdykacji na rzecz księcia Aosty – Włocha Amadeusza Sabaudzkiego. Małżeństwo i potomstwo thumb|left|Izabela II ze swoją najstarszą córką (F.X. Winterhalter, 1852) Kiedy królowa Izabela II skończyła 16 lat, pilną sprawą stało się znalezienie odpowiedniego małżonka. Wybór padł na Francisca de Asís de Borbón, hrabiego Kadyksu (1822–1902). Drobny, mówiący falsetem i zniewieściały Francisco był przezywany Paquita, a Izabela stwierdziła, że woli abdykować niż za niego wyjść. Ostatecznie jednak królowa musiała się ugiąć i w Madrycie, 10 października 1846, wyszła za mąż za Francisca. Tego samego dnia odbył się ślub jej młodszej siostry – Ludwiki Ferdynandy – z Antonim Orleańskim, najmłodszym synem króla Ludwika Filipa I.