W skład ministerstwa wchodził Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące komórki organizacyjne.: Departament Bezpieczeństwa Gospodarczego Departament Budżetu i Finansów Departament Doskonalenia Regulacji Gospodarczych Departament Energetyki Departament Energii Jądrowej Departament Energii Odnawialnej Departament Funduszy Europejskich Departament Gospodarki Elektronicznej Departament Górnictwa Departament Handlu i Usług Departament Innowacji i Przemysłu Departament Instrumentów Wsparcia Departament Jednostek Nadzorowanych i Podległych Departament Komunikacji Społecznej Departament Polityki Handlowej Departament Prawny Departament Programów Offsetowych Departament Promocji i Współpracy Dwustronnej Departament Ropy i Gazu Departament Spraw Europejskich Departament Strategii i Analiz Departament Wdrażania Programów Operacyjnych Biuro Administracyjne Biuro Audytu Wewnętrznego, Ewaluacji i Kontroli Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Informatyki Biuro Ochrony i Informacji Niejawnych Sekretariat Ministra
Organy nadzorowane przez ministra: Prezes Głównego Urzędu Miar Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej
Organy podlegające ministrowi: Urząd Dozoru Technicznego Agencja Rezerw Materiałowych Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości