Kiedy w 1997 roku Automobilklub Dolnośląski dotknęły kłopoty finansowe, rajd z powrotem przeniesiony został do Krakowa, powrócił jednak na Dolny Śląsk w 2000 r. Od tego czasu bazą rajdu było Kłodzko, a odcinki specjalne rozgrywano na asfaltowych drogach ziemi kłodzkiej.
W 2005 roku Rajd Polski został przeniesiony na szutrowe drogi Mazur, a bazą zawodów zostały wybrane Mikołajki. Zmiana ta była podyktowana aspiracjami organizatora – Polskiego Związku Motorowego, by rajd ponownie stał się rundą Mistrzostw Świata. W latach 2006–2008 impreza miała status oficjalnego kandydata do tego cyklu, aby w 2009 roku zostać ostatecznie rundą Rajdowych Mistrzostw Świata. W latach 2010–2013 rajd był rundą Mistrzostw Polski i Mistrzostw Europy, a w 2013 roku także Mistrzostw Litwy. W latach 2014–2017, a także w 2024 Rajd Polski ponownie był rundą Rajdowych Mistrzostw Świata.
Po problemach z kibicami i bezpieczeństwem na odcinkach w 2017, jak i w ubiegłych latach, FIA zrezygnowała z rundy mistrzostw świata w Polsce na rzecz Rajdu Turcji. Rajd Polski był wówczas rozgrywany jako runda Mistrzostw Europy i Mistrzostw Polski - z przerwą w roku 2024, kiedy to był rundą Mistrzostw Świata i ponownie gościł zawodników w samochodach klasy WRC.