W 1984 powrócił do zespołu McLaren i przegrał walkę o mistrzostwo z partnerem z zespołu, Austriakiem Nikim Laudą, zaledwie o 0,5 punktu. W 1985 był bezkonkurencyjny i zdobył swój pierwszy tytuł Mistrza Świata. W klasyfikacji generalnej zdobył 73 punkty, wyprzedził drugiego Michele’a Alboreto o 20 punktów. Niki Lauda tymczasem ukończył zaledwie trzy wyścigi. Walka o tytuł w sezonie 1986 trwała do ostatniego wyścigu w Australii. Ostatecznie Nigel Mansell nie ukończył ostatniego wyścigu, a Prost wygrał i wyprzedził dzięki temu Brytyjczyka o dwa punkty w klasyfikacji generalnej. W sezonie 1987 samochody napędzane silnikami Hondy były bezkonkurencyjne i Prost musiał zadowolić się czwartą pozycją w walce o tytuł. Samochody McLarena od sezonu 1988 były napędzane silnikami Hondy zamiast Porsche. Tym razem na drodze do tytułu stanął nowy partner z zespołu, Ayrton Senna. Sezon 1989 został ponownie zdominowany przez kierowców zespołu z Woking, tym razem lepszym okazał się Prost. Wygrał 4 razy i zdobył swój trzeci tytuł Mistrza Świata. Był to jego ostatni sezon w barwach McLarena.