W obliczu wszystkich tych cięć i ograniczeń pod koniec lat 90. XX w. przekształcono WAM w uczelnię wojskowo-cywilną otwierając w latach 1998–1999 dwa zaoczne kierunki studiów dla słuchaczy cywilnych: zdrowie publiczne oraz fizjoterapia. Wkrótce Ministerstwo Obrony Narodowej wprowadziło radykalną reformę wyższego szkolnictwa wojskowego. Dla Akademii reforma ta sprowadzała się praktycznie do jej likwidacji, ponieważ zdecydowano o wstrzymaniu resortowego systemu kształcenia lekarzy wojskowych. W wyniku tych decyzji, chcąc utrzymać akademicki status uczelni i nie zaprzepaścić kilku dziesięcioleci pracy naukowej władze WAM podjęły w pierwszym półroczu 2002 roku rozmowy z władzami cywilnej Akademii Medycznej w Łodzi w sprawie utworzenia po połączeniu obu uczelni wspólnego Uniwersytetu Medycznego. Projekt ten został zrealizowany z powodzeniem i od roku 2003 Wojskowa Akademia Medyczna przestała istnieć (równocześnie w ramach swoistej fuzji obu uczelni zlikwidowano cywilną łódzką Akademię Medyczną) po wykształceniu przez 44 lata funkcjonowania sześciu tysięcy oficerów medycyny wojskowej – lekarzy, lek. stomatologów i farmaceutów (oraz przez krótki czas także psychologów klinicznych).