Oprócz swych wysokich funkcji w służbie państwowej Jan Robert Watson odegrał dużą rolę w życiu obydwu parafii ewangelickich w Warszawie, kalwińskiej i luterańskiej: był asesorem wspólnego konsystorza obu wyznań, członkiem komisji rewizyjnej prawa kościelnego oraz wieloletnim członkiem Kolegium Kościelnego warszawskiej parafii reformowanej. Był także aktywnym wolnomularzem, jednym z założycieli stołecznej loży Cnotliwy Sarmata, założonej 19 lutego 1802 pod nazwą „Friedrich Wilhelm zur Säule”, rozwiązanej w 1808.
23 grudnia 1791 otrzymał polski indygenat wraz z herbem własnym o nazwie Priestfield. Posiadał majątek Majdany koło Kozienic.
Życie prywatne Żonaty od 1784 z Marianną Keene (zm. 17 sierpnia 1841) miał z nią dwanaścioro dzieci, pięciu synów i siedem córek: Ludwika Marianna (1788–1867) wyszła za Ludwika Augusta Haukego, Robert (1790–1852) ostatni z rodziny. Emilia, żona rosyjskiego generała (1784–1859) – jej synem był m.in. generał Konstantin von Kaufman (1818–1882) generał-gubernator wileński, a potem Turkiestanu (1867–1882).