Kliniczną bazą własną uczelni są dwa szpitale w Bydgoszczy: Szpital Uniwersytecki nr 1 im. dr. Antoniego Jurasza oraz Szpital Uniwersytecki nr 2 im. dr. Jana Biziela.
Ponadto jednostki organizacyjne uczelni działają też w innych placówkach w Bydgoszczy: Centrum Onkologii im. prof. Franciszka Łukaszczyka, Hospicjum im. ks. Jerzego Popiełuszki, Kujawsko-Pomorskim Centrum Pulmonologii, Wojewódzkim Szpitalu Obserwacyjno-Zakaźnym im. Tadeusza Browicza 10 Wojskowym Szpitalu Klinicznym z Polikliniką w Bydgoszczy
oraz w placówkach w Toruniu: Wojewódzkim Szpitalu Zespolonym im. L. Rydygiera w Toruniu łączącym: Szpital Wielospecjalistyczny, Szpital Specjalistyczny dla Dzieci i Dorosłych Wojewódzki Ośrodek Lecznictwa Psychiatrycznego z II Kliniką Psychiatrii Szpital Obserwacyjno-Zakaźny Stację Ratownictwa Medycznego oraz Regionalne Centrum Stomatologii.
Patronem jednostki jest Ludwik Rydygier, chirurg, który w 1880 roku w Chełmnie przeprowadził pierwszą na świecie udaną resekcję odźwiernika żołądka w leczeniu raka, co stanowiło przełom w rozwoju chirurgii jamy brzusznej.