Zdobył też Puchar Portugalii.
14 czerwca 2009 roku francuski obrońca za kwotę piętnastu milionów euro został kupiony przez włoski zespół A.C. Milan. Kilka dni później włoskie media poinformowały, że piłkarz nie przeszedł pozytywnie testów medycznych (problemy z zębami) i nie dołączy do Milanu. Działacze włoskiego klubu zdecydowali się wypożyczyć Cissokho na jeden sezon z opcją transferu definitywnego, jednak wiceprezydent drużyny – Adriano Galliani powiedział, że żądania Porto odnośnie do wypożyczenia są zbyt wysokie. Następnie Porto zmniejszyło cenę za swojego zawodnika z 15 na 10 milionów euro.
18 lipca 2009 roku podpisał 5-letni kontrakt z Olympique Lyon. Kosztował 15 milionów euro. Za kwotę około 10 milionów euro, 23 sierpnia 2012 roku, piłkarz przeniósł się do jednej z czołowych hiszpańskich drużyn, Valencii.
20 sierpnia 2013 roku podano do publicznej wiadomości wypożyczenie Francuza do Liverpoolu na okres całego sezonu.