Po wyjściu Niemców z Bydgoszczy świątynia parafii ewangelickiej przestała być używana. Władze miejskie (Komitet Obywatelski Miasta Bydgoszczy) przekazały ją do użytku katolikom. Poświęcona świątynia otrzymała wezwanie św. Józefa Rzemieślnika i początkowo pełniła funkcję kościoła rektorskiego oraz filii Fary. Utworzenie parafii przy kościele nastąpiło 1 października 1946 roku.
W latach 60. i 70. XX w. kościół zapewniał z konieczności obsługę duszpasterską dla mieszkańców budujących się nowych dużych osiedli Bydgoszczy: Wyżyn i Kapuścisk.
15 października 2006 roku bp Jan Tyrawa dokonał konsekracji świątyni.
W 2019 władze miejskie przyznały środki na przeprowadzenie remontu elewacji świątyni, który rozpoczęto w II połowie rokuRozpoczął się remont kościoła św. Józefa Rzemieślnika.
Architektura Kościół zbudowany został w stylu eklektycznym, łączącym cechy neogotyckie i neoromańskieParucka Krystyna. Zabytki Bydgoszczy – minikatalog. „Tifen” Krystyna Parucka. Bydgoszcz 2008.