Sezon 2002/2003 był ostatnim, w którym Manchester rozgrywał mecze na Maine Road. Wygrał wówczas derby Manchesteru 3:1, na co musiał czekać aż 13 lat. City zakwalifikowało się także do Pucharu UEFA, ponieważ zwyciężył w rankingu Fair-Play. Po raz pierwszy od 25 lat Manchester zagrał w europejskich pucharach. W roku 2003 The Citizens zaczęli grać na nowym stadionie o nazwie City of Manchester Stadium.
W marcu 2005 Kevin Keegan opuścił klub, a pełniącym obowiązki menedżera został Stuart Pearce, który poprowadził zespół do ośmiu zwycięstw z rzędu, co niemalże pozwoliło zespołowi zakwalifikować się do europejskich pucharów. Pearce został nagrodzony pełnoprawną rolą menedżera. Do listopada 2005 roku City utrzymywało się w pierwszej szóstce. Forma spadła jednak w drugiej połowie sezonu, co poskutkowało 15 pozycją na zakończenie rozgrywek.