W związku z tym wysunięto wniosek, że ten antybiotyk nie wywiera trwałego wpływu na niepatologiczną mikroflorę kolonizującą ludzkie jelito.
Farmakokinetyka W badaniach klinicznych wykazano, że po podaniu doustnym ryfaksymina jest prawie niewykrywalna w osoczu krwi i w moczu i potwierdzono, że wchłania się z przewodu pokarmowego w ilości mniejszej niż 1%. Zwiększonego wchłaniania leku nie stwierdzono również w grupach pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna bądź wrzodziejącym zapaleniem jelita grubego, z uszkodzoną w przebiegu tych chorób błoną śluzową jelita. Działanie ryfaksyminy podanej doustnie ogranicza się w związku z tym do przewodu pokarmowego, gdzie osiąga ona bardzo wysokie stężenie. W badaniu przeprowadzonym przez Jianga i wspólników oceniono, że stężenie antybiotyku w kale pacjentów z biegunką podróżnych, w pierwszym dniu po zakończeniu terapii tym lekiem w dobowej dawce 800 mg przez trzy kolejne dni, wynosiło średnio 7961 μg/g. Wartość tę uznano za wysoką i wykazano, że przekracza ona minimalne stężenia hamujące dla bakterii branych pod uwagę w badaniu.