Kościół św. Ducha – istniejący w latach 1529–1645 kościół szpitalny, który znajdował się w Bydgoszczy, na Przedmieściu Gdańskim, za Bramą Gdańską, przy ul. Gdańskiej. Jego mury wkomponowano w ukończony w 1645 roku kościół klarysek.
Historia Budowa kościoła szpitalnego Św. Ducha jest związana z rozwojem sieci przytułków dla chorych i ubogich w Bydgoszczy w XVI wieku.
Kościół św. Ducha był pierwszą kaplicą szpitalną powstałą na przedmieściu miasta Bydgoszczy. Powstał on w formie drewnianejZ drewna dębowego. budowli na miejscu obecnego kościoła Klarysek, wraz z pierwszym szpitalem (przytułkiem) dla chorych, ubogich i starców. Dokument fundacyjny z 14 września 1448 roku przedstawia, że kaplicę uposażyli aktualnie urzędujący burmistrze, landwójt, rajcy i mieszczanie. Potwierdził go 26 grudnia 1448 i 8 stycznia 1449 Świętosław z Wrzącej – archidiakon, oficjał i wikariusz generalny biskupa włocławskiego Władysława z Oporowa. Potwierdzenie to miało charakter wieczysty, obejmując swoim zakresem także nadanie ogrodu, położonego za szpitalem, spichlerza, dwóch ogrodów, działki folwarcznej położonej przy drodze do Myślęcinka oraz 30 mórg łąk. Z powyższych dóbr były ustanowione czynsze roczne, a ubodzy sami uprawiali w nich ziemię i hodowali bydłoKościół katolicki w Bydgoszczy. Kalendarium. Praca zbiorowa.